Có một số từ Hán Việt mang ý nghĩa đối với người Việt khác với tiếng Hán chính thống. Ví dụ như ngày nay trong tiếng Trung Quốc từ "bác sĩ" (chữ Hán: 博士) thường dùng để chỉ học vị "tiến sĩ", còn bác sĩ được gọi là "y sinh" (Hán văn phồn thể: 醫生, Hán văn giản thể: 医生) hoặc "đại phu" (Hán văn: 大夫, thường dùng trong khẩu ngữ).

Bên cạnh đó. còn tồn tại vài trường hợp thiếu nhất quán trong phiên âm Hán – Việt, như các trường hợp một chữ Hán có 1 âm Quan thoại nhưng có thể có 2 âm Hán – Việt khác nhau được ghi chú trong cùng một từ/tự điển, ví dụ từ 使, bính âm quan thoại đọc là shǐ, phiên âm Hán Việt có lúc đọc là "sứ" (大使館 – đại sứ quán), có lúc đọc "sử" (使用 – sử dụng), còn có nhiều trường hợp mỗi sách ghi một âm Hán – Việt khác nhau (xem bài phiên âm Hán Việt).